Mezi klášterní zahrady, kromě zahrad na rajských dvorech, opatské zahrádky, teras nad říčkou Úhlavkou a lesoparku táhnoucího se k západu, patří také Jižní zahrada.  Rozprostírá se před jižním křídlem Nového konventu, od něhož ji měla oddělovat zdobná barokní zahrádka. Podle popisu z roku 1826, kdy klášter koupil kníže Alfred I. Windischgrätz, byla jednou ze tří ovocných a kuchyňských zahrad v klášteře. 

Svou rozlohou více než 2 ha je Jižní zahrada největší užitkovou plochou v areálu. Svažitý pozemek byl pro snadnější obhospodařování rozčleněný do tří teras a obehnaný po obvodu kamennou zdí, která sbíhá k zahradnímu domku s malou oranžerií.  

Benediktini v Jižní zahradě založili ovocný sad, a jak bývalo běžné, pěstovali pod korunami stromů zeleninu a obilniny. Vysazeny byly stromy vysokokmenné, aby mniši mohli snadněji obhospodařovat lány mezi řadami stromů. Plody a výpěstky tvořily podstatnou součást jídelníčku obyvatel kláštera. 

V roce 1864 zahájil svou činnost pivovar založený knížetem Alfrédem II. Windischgrätz. Z té doby patrně pocházejí i tři rybníky v zahradě, které zřejmě sloužily jako zásobárny ledu. Rybníky napájel vodou potok stékající od Skapců. Stavba dálnice D5 protnula trasu potoka a rybníky zůstaly suché.

Obnova zahrady proběhla v letech 2013 – 2014 a jejím cílem bylo vytvoření klidové plochy s květnatými lukami, velkým ovocným sadem se starými druhy jabloní, hrušní a třešní a se zákoutími na březích pivovarských rybníků.

Jižní zahrada je volně přístupná návštěvníkům od dubna do října.