Za vlády Vladislava I. získaly nejzápadnější části země na nové zajímavosti pro kolonizační snahy mířící do Čech z vnitrozemí i ze zahraničí a současně se tak dostaly pod přímý politický vliv Přemyslovců. Kníže Vladislav I. byl také tím panovníkem, jenž podle většiny pramenů založil v roce 1115 benediktinský klášter v Kladrubech a tento významný akt se záhy projevil jako politická garance osidlovacím tendencím. Klášter se podílel na zakládání vesnic a zřizování cest. Kladruby byly vybrány i ze strategického důvodu, neboť ležely poblíž obchodní tepny tehdejší Evropy, tzv. Norimberské obchodní stezky, která z okolí Norimberku vedla přes Prahu až k Baltu. Monumentální pozdně románská trojlodní bazilika byla dokončena v roce 1233 a vysvěcena za přítomnosti krále Václava I. a vysokých církevních a státních úředníků.

Politická situace v Čechách na konci 14. století, se bytostně odrazila i v historii kláštera v Kladrubech. Mělo dojít ke zrušení a jeho obrovský majetek měl být použit na založení nového biskupství pro západní Čechy. Tímto plánem chtěl král Václav IV. oslabit vliv arcibiskupa Jana z Jenštejna. Rázná a rychlá reakce arcibiskupova, který uznal volbu nového opata z řad kladrubských benediktinů, této likvidaci zabránila. Arcibiskup však již nemohl zachránit život generálního vikáře Jana z Pomuku. Zbytečná smrt tohoto muže, který se do poslední chvíle snažil spory urovnat, pouze prohloubila definitivní názorový rozkol mezi králem a arcibiskupem a zesílila náboženskou nesnášenlivost v zemi. Tragický osud Jana z Pomuku však přispěl v 18. století k náboženskému stmelení Čech i celé Evropy, neboť tento muž byl v roce 1729 svatořečen, prohlášen za zemského patrona Čech, druhého zemského patrona Bavorska a za spolupatrona Mnichova. Postava tohoto světce od doby vrcholného baroka zdobila nejen mosty prakticky po celém světě, ale zobrazení svatého Jana Nepomuckého se objevovalo i na předmětech liturgických, votivních i spotřebních.

Nejpozoruhodnějšího uměleckého rozkvětu se dočkal klášter v Kladrubech za vlády opata Maura Fintzguta, který byl zvolen v roce 1701. Výjimečným počinem tohoto opata byla přestavba klášterního kostela. O projekt byli požádáni dva architekti, jejichž tvorba v tehdejší době nejlépe ukazovala moderní snahy a možnosti barokního stavitelství. Šlo o Kryštofa Dientzenhofera, představitele tzv. radikálního průnikového baroka v architektuře, a Jana Blažeje Santiniho - Aichela, tvůrce svébytného stylu, oblíbeného u starých mnišských řádů v Čechách i na Moravě. Opat Fintzgut zvolil projekt Santiniho - Aichela a podle něj byl klášterní kostel v letech 1711-1726 přestavěn ve formě barokní gotiky. Právě tato stavební varianta zvýraznila stáří kostela a jeho historickou a architektonickou důležitost v českém prostoru.

Při realizaci svého plánu Santini - Aichel využil původní konstrukce románského trojlodí, a to jak v obvodovém zdivu, tak i v příčné lodi. Zachoval částečně i románské pilíře mezilodních arkád v chórové části. Původní trojboký závěr chrámu přestavěl na trojlistý a zkrácením hmoty trojlodí v západním průčelí posunul příčnou loď doprostřed podélné osy, a tak se obě části chrámu, chór i západní část, délkově vyrovnaly. Mohutná barokně gotická kopule nad křížením výškově nahradila dvě románské věže, které Santini strhnul. Exteriér chrámu s  opěráky a západní průčelí, které je zcela novostavbou, dodávají celku gotický charakter. Z barokně gotických rekonstrukcí středověkých klášterních kostelů se jedná o nejrozsáhlejší a nejnáročnější Santiniho dílo. Množství gotizujících článků a jejich expresívní seskupení nemá v barokní architektuře nikde obdoby. Vedle originálního řešení detailů zvládl Santini i celkovou hmotu chrámu a její začlenění do krajiny. Podle soudobých zpráv stála celá barokně gotická přestavby klášterního kostela v Kladrubech včetně vybavení zhruba 150 000 zlatých.

Nový rozvrh hmoty chrámu našel odezvu v interiéru. Valené klenby s výsečemi v trojlodí pokrývají hvězdicovité útvary, jejichž štuková žebra jsou mohutnější a plasticky náročnější než v jiné přestavbě Santiniho, v kostele v Sedlci. Kroužené klenby dosahují kompozičního vrcholu v trojlistém závěru kladrubského chrámu. Ostře lámaná a vzájemně se protínající se žebra doplňují žebra přesekávaná a jako celek působí velice dramaticky, přitom však kompaktně. Hra se světlem dotváří architektonickou a náboženskou jednotu interiéru chrámu. Zvuk barokních varhan, nástroje z dílny Jacoba Burkhardta, je pak dokladem akustické výjimečnosti chrámového interiéru. Chrámové zařízení, včetně hlavního oltáře, kazatelny, chórových lavic a skříně varhan bylo vytvořeno podle Santiniho návrhu v duchu gotického slohu a dokazuje, jaké komplexně umělecké dílo v Kladrubech vzniklo. Sochařská výzdoba hlavního oltáře a náhrobku zakladatele kláštera, knížete Vladislava I., je dílem mladšího současníka Matyáše Bernarda Brauna Řehoře Thényho. Kromě českých umělců se v kladrubském klášterním kostele Nanebevzetí Panny Marie, sv. Benedikta a sv. Wolfganga podíleli na výzdobě špičky tehdejšího výtvarného projevu, nejlepší a nejžádanější bavorští mistři vrcholného baroka, bratři Asamové. Cosmas Damian Asam vytvořil dvacet fresek v hlavní lodi roku 1726. Chórovou část zdobí osm scén s tematikou Te Deum laudamus (Tebe Bože chválíme), v západní části kostela je dvanáct fresek s tematikou Maria Vitae (Život Panny Marie) a v kopuli scéna Nanebevzetí Panny Marie uzavírá a korunuje celé Asamovo freskové dílo v Kladrubech. Západní část kostela zdobí dva rokokové oltáře sochaře Jindřicha Webera, vytvořené ve 40. letech 18. stol. Jde o oltář Panny Marie s gotickou sochou Růžencové madony z počátku 15. stol. a o oltář sv. Josefa. Dva klasicistní oltáře sv. Scholastiky a sv. Maří Magdaleny, ozdobeny sochami z dílny Karla Legáta, jsou z 2. pol. 70. let 18. stol. Oltářní obraz sv. Maří Magdaleny (pochází ze 17. stol.) byl pravděpodobně vytvořen v okruhu umělců císaře Rudolfa II. Habsburského.

Opat Maurus Fintzgut zamýšlel rovněž stavbu nového konventu, jelikož raně barokní budovy již komunitě nevyhovovaly. Podle Santiniho projektu měl být nový konvent postaven na půdorysu trojúhelníku. Tento záměr však nebyl realizován. Fintzgutův nástupce opat Josef Sieber použil nový projekt Kiliána Ignáce Dientzenhofera. Vystavěl čtyřkřídlý palácový objekt, situovaný jižněji než stála starší budova. Výzdoba nového konventu pokračovala ještě ve 2. pol. 18. stol.

Pozdější zásahy do budov kláštera, jednak po zrušení císařem Josefem II. v roce 1785, jednak po předání objektu rodině Windischgrätz, měly většinou devastační charakter. Ať už šlo o přestavbu nového konventu na pivovar, který byl v roce 1875 poškozen požárem, či o nehistorické přebudování interiéru východního křídla konventu na knihovnu, či o necitlivé adaptace většiny interiérů na byty. Ostatní budovy, vyjma kostela, sloužily v průběhu 19. stol. jako součásti přidružené výroby pivovarskému provozu. Od roku 1945 je bývalý klášter majetkem státu. Do 60. let minulého století se v areálu nacházely kanceláře a byty státního statku a státních lesů, v roce 1968 přechází klášter do správy současného Národního památkového ústavu.